De acuerdo con los criterios establecidos por la International Federation for the Surgery of Obesity and Metabolic Disorders (IFSO), el requisito mínimo para considerarse candidato para el procedimiento es tener 45.3 Kg. (100 libras) de sobrepeso o tener un Índice de Masa Corporal (IMC) de 40 o superior. También es considerada para pacientes que posean un IMC igual o superior a 35 si presentan alguna enfermedad asociada que se mejore con la pérdida de peso, como hipertensión arterial, diabetes, enfermedad cardiaca, apnea del sueño entre otras.

Según los criterios de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) además de los mencionados, se incluye a pacientes que han tenido varios intentos de reducción de peso llevados a cabo sin éxito durante al menos 2 años bajo supervisión médica, ausencia

Asimismo, en determinadas condiciones y fracasos múltiples en tratamientos médicos controlados, pacientes con un IMC entre 32 y 35, pudieran también ser candidatos a cirugía de la obesidad, tal como sugieren los diabetólogos para diabéticos de tipo II.

Las contraindicaciones para la cirugía de la obesidad son de tipo anestésico, es decir aquellos pacientes que por su obesidad extrema u otros condicionantes de tipo cardio-respiratorio, los anestesistas desaconsejan cualquier tipo de anestesia por su elevado riesgo de muerte. Estos pacientes deben someterse a tratamientos previos para mejorar su capacidad ventilatoria y poder ser candidatos posteriores a la cirugía.

Existen otras contraindicaciones de tipo psiquiátrico, debiendo ser el especialista quien indique la oportunidad y las condiciones del tratamiento en función del grado y las características del trastorno psíquico asociado. La obesidad de origen endocrino, la drogadicción y el alcoholismo se consideran contraindicaciones para la cirugía de la obesidad.

En general, antes de los 18 años y después de los 65 años de edad no deben realizarse intervenciones de cirugía bariátrica (las excepciones deberán decidirse de forma interdisciplinaria). Sin embargo, este concepto tradicional está modificándose actualmente, en parte por la aparición cada vez más frecuente de formas juveniles y muy agresivas de obesidad mórbida y también en parte por el incremento en las expectativas de vida en pacientes de edades superiores a 65 años.